Nie żegnamy się z Tobą, bo zostajesz z nami w modlitwie i pamięci naszych serc, w słowie tak hojnie sianym, w podjętych dziełach apostolskich, z bliskością grobu, który będzie niepokoił nasze sumienia. Byłeś nam dany na czas dwóch przełomów: tysiąclecia i odejścia Jana Pawła II; uczyłeś, jak ufnie patrzeć w przyszłość. Teraz Twoja śmierć stała się dla nas przełomem.
Bp Mieczysław Cisło

W prezbiterium katedry zgromadzili się kardynałowie, arcybiskupi i biskupi; jedną nawę zajęło kilkuset kapłanów, którzy sprawowaną Eucharystią spłacali dług wdzięczności wobec człowieka, który został nazwany „skarbem Kościoła i świata”. W uroczystościach wzięło udział wiele delegacji z kraju i z zagranicy, reprezentujących różne środowiska, w tym prezydent RP Bronisław Komorowski, wicepremier Waldemar Pawlak, marszałek Senatu Bogdan Borusewicz, wicemarszałek Sejmu Marek Kuchciński i inni. Znaczną grupę uczestników żałobnej Liturgii stanowili przedstawiciele świata akademickiego z Lublina, Krakowa, Warszawy, Łodzi i Lwowa. Władze lubelskie reprezentowali wojewoda Genowefa Tokarska, prezydent Krzysztof Żuk i marszałek Krzysztof Hetman. Wśród obecnych nie zabrakło mieszkańców z rodzinnej miejscowości ks. Arcybiskupa oraz kapłanów i kleryków z archidiecezji częstochowskiej. Zgodnie z wolą administratora diecezji, w czasie ceremonii nie składano wieńców, a zgromadzone ofiary przeznaczono na stypendia dla ubogiej młodzieży.
Jeszcze przed rozpoczęciem Mszy św. odbyła się ceremonia pośmiertnego odznaczenia abp. Życińskiego Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski. Order „za wybitne zasługi w działalności duszpasterskiej, osiągnięcia w pracy naukowej i dydaktycznej oraz za chrześcijańskie świadectwo humanizmu i tolerancji” został przekazany na ręce administratora bp. Mieczysława Cisło. W słowie pożegnalnym prezydent Komorowski podkreślił, że „Zmarły był wybitną postacią Kościoła i bardzo ważnym uczestnikiem polskiego życia publicznego”. - Jako myśliciel był pięknym dowodem na to, że rozum i wiara mogą działać wspólnie, a nie przeciwko sobie. Był człowiekiem dialogu i intelektualnej odwagi, był wierny tradycji, ale równocześnie bez lęku patrzył w przyszłość Polski i Kościoła. Polska żegna dziś jednego z wielkich swoich synów - podkreślał.
W słowie wstępnym bp M. Cisło przypomniał, jak zaledwie kilka dni temu cały świat obiegła smuta wiadomość o nagłej śmierci ks. Arcybiskupa, okrywając żałobą wiele serc. - Odszedł dobry, mądry, odważny, niezwykły człowiek, kapłan, uczony, poeta, humanista, homo viator w służbie prawdy, Apostoł Jezusa Chrystusa, ale i prorok widzący dalej i głębiej, płacący niekiedy cenę samotności i niezrozumienia. Odszedł dobry Pasterz, dający życie nie w przelaniu krwi, lecz w ofiarnym spalaniu się w codziennym trudzie; który umiłował lud, umiłował konkretnego człowieka, z jego wielkością i nędzą, dostrzegając w każdym godność dziecka Bożego - podkreślał. Przywołując postać Metropolity, bp Cisło stwierdził: - Był duchowo dojrzały do odejścia i przygotowany nie tylko przez problemy zdrowotne. Był dojrzały przez dzieło swojego życia, ale przede wszystkim przez głęboką wiarę, wprost dziecięcą, która tęskni za niebem.
Podczas liturgii został również odczytany telegram, wystosowany po śmierci abp. Józefa Życińskiego przez Benedykta XVI. „W młodym wieku odszedł do Pana wybitny Pasterz, który z miłością troszczył się o powierzonych jego pieczy wiernych, a równocześnie z oddaniem angażował się w życie Kościoła powszechnego” - napisał Ojciec Święty.
W okolicznościowej homilii kard. Kazimierz Nycz wspominał abp. Życińskiego - niezwykłego człowieka, którego poznał przed ponad 40 laty. - Ludzie wielcy, którzy wyprzedzają swoją epokę, widzą dalej i głębiej, są wielkim skarbem Kościoła i świata. Taki był Arcybiskup Józef - człowiek wierny i otwarty, wierny Bogu i Kościołowi, a otwarty na współczesny świat i jego problemy, otwarty na ludzi, na świeckich w Kościele, otwarty na świat mediów - mówił. Przyrównując zmarłego do dobrego pasterza, który oddaje się bez reszty swojemu posłannictwu, kard. Nycz zauważył, że słowo „pasterz” jest tym, które najpełniej oddaje charakter jego boleśnie krótkiego, ale bogatego życia. Kaznodzieja zwrócił też uwagę na niezwykłą symbolikę ostatniej drogi abp. Życińskiego, która wiodła z Rzymu przez Tarnów i Chełm po Lublin. - Wierzymy, że Bóg w swojej opatrzności kieruje życiem każdego z nas. A zatem, tę śmierć, przez tę ostatnią drogę z Rzymu do Lublina, przez te rzesze modlących się w różnych miejscach ludzi, chce nam coś powiedzieć; może coś, czego nie zdołaliśmy odkryć i ocenić, także docenić za życia Arcybiskupa Józefa na ziemi - mówił. - Wdzięczność i modlitwa przy jego trumnie wielu środowisk, dla których był biskupem, mistrzem i przewodnikiem drogi, to jest wielki symbol ostatnich dni.
Przed złożeniem trumny z ciałem Pasterza do prostego, marmurowego sarkofagu, umieszczonego w archikatedralnych kryptach, wybrzmiały słowa pożegnań. Jako pierwszy głos zabrał kard. Zenon Grocholewski, przewodniczący Kongregacji ds. Wychowania Katolickiego, który dziękował abp. Życińskiemu za wieloletnią i owocną pracę w Kongregacji. Z kolei abp Józef Michalik, przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski, podkreślał, że Arcybiskup dał się poznać jako ten, który z radością służył wszystkim, a jego śmierć „odkryła na nowo jego wielkość”. Abp Michalik, na ręce brata Zmarłego - ks. Wojciecha Życińskiego SDB, dziękował rodzinie, w której „wyrósł tak wielki człowiek”. W kolejnych wystąpieniach głos zabrali m.in. prawosławny ordynariusz lubelsko-chełmski Abel, rektor KUL ks. prof. Stanisław Wilk, siostry zakonne, młodzież, niepełnosprawni, przedstawiciel lubelskiego laikatu, wojewoda G. Tokarska oraz prof. Władysław Bartoszewski, który odczytał list Prezesa Rady Ministrów. W imieniu prezbiterów Kościoła lubelskiego Pasterza pożegnał ks. prał. Adam Lewandowski, proboszcz archikatedry. - Bogu i Matce Bożej Płaczącej z lubelskiej katedry dziękujemy dziś za wszelkie dobro, które nam okazał przez twoją posługę; za słowa zachęty, by nie bać się świata, za uścisk dłoni, za słowa prawdy i ojcowskie przygarnięcie tych, którzy pobłądzili… W sercu zostawiłeś niepowtarzalny ślad - mówił.
Zwieńczeniem ceremonii pogrzebowej było złożenie trumny do grobu. Po ostatniej modlitwie, której przewodniczył kard. Stanisław Dziwisz, ciało Metropolity zostało przeniesione do krypt. Za trumną w ostatniej ziemskiej wędrówce Pasterza podążali biskupi lubelscy: abp Bolesław Pylak, bp Mieczysław Cisło, bp Ryszard Karpiński, bp Józef Wróbel i bp Artur Miziński oraz kardynałowie i arcybiskupi, a także brat Zmarłego, osobisty sekretarz ks. Tomasz Adamczyk i siostry ze Zgromadzenia Kanoniczek Ducha Świętego. W sarkofagu, obok trumny, został umieszczony dokument zwany „rogito” - O śmierci i pogrzebie śp. abp. Józefa Życińskiego.